iPhone Duo รองรับการทำงานร่วมกับ Apple Pencil ได้เพียงรุ่นเดียวเท่านั้น ซึ่งก็คือ Apple Pencil USB-C ที่ปัจจุบัน วางจำหน่ายในราคา 2,990 บาท หมายความว่า ถ้าผู้ใช้งานมี Apple Pencil รุ่นอื่นอยู่แล้ว เช่น Apple Pencil Pro จะไม่สามารถใช้งานร่วมกันได้
MacRumors คาดว่า สาเหตุที่ iPhone Duo ไม่รองรับ Apple Pencil Pro น่าจะเป็นเพราะไม่มีแถบแม่เหล็กสำหรับชาร์จไฟให้กับปากกา โดย Apple Pencil Pro จะชาร์จไฟผ่านระบบแม่เหล็กเมื่อติดเข้ากับ iPad ที่รองรับ ขณะที่ Apple Pencil USB-C จะชาร์จไฟผ่านพอร์ต USB-C ที่ซ่อนอยู่ใต้ฝาเลื่อน
Apple ระบุว่า Apple Pencil จะสามารถใช้งานได้ทั้งหน้าจอด้านในและด้านนอกของ iPhone Duo ซึ่งถือเป็น iPhone รุ่นแรกที่รองรับการใช้งานร่วมกับ Apple Pencil อย่างไรก็ตาม ฟีเจอร์การทำงานคู่กับ Apple Pencil ยังไม่พร้อมใช้งานทันทีที่ iPhone Duo วางจำหน่าย แต่จะเปิดให้ใช้งานได้ในปลายปีนี้
