iPhone 16e ได้รับการออกแบบมาอย่างทันสมัย มาพร้อมจอแสดงผล OLED ขนาด 6.1 นิ้ว แบบมีรอยบากสำหรับวางระบบกล้อง TrueDepth ซึ่งเป็นหัวใจสำคัญของ Face ID และยังมีปุ่มแอ็คชั่น รวมถึงเปลี่ยนมาใช้พอร์ต USB-C
อย่างไรก็ตาม MagSafe กลับเป็นสิ่งที่ขาดหายไปใน iPhone 16e หมายความว่า iPhone 16e จะไม่รองรับอุปกรณ์เสริมต่างๆ ของ MagSafe ทำให้เป็น iPhone ที่มีดีไซน์ทันสมัยแต่ขาด MagSafe ที่เปิดตัวพร้อม iPhone 12 ในปี 2020
ถึงแม้จะขาด MagSafe แต่ iPhone 16e ยังสนับสนุนการชาร์จไร้สายมาตรฐาน Qi สูงสุด 7.5W
